Фамилия Кунафиев — яркий пример того, как тюркское имя легло в основу русской фамильной модели. Её ядро — мужское имя Кунафий (встречаются варианты Кунафей, Кунапа). Оно образовано от арабского корня «кун» — «будь» (повелительное наклонение глагола «быть») и имени «Афий» (от арабского «афия» — «здоровье», «благополучие»). Таким образом, имя-пожелание Кунафий можно перевести как «будь здоров» или «будь в здравии». Это типичная для мусульманской ономастики составная конструкция, где первая часть — глагольный призыв.

Суффикс -ев в фамилии указывает на её русское оформление по патронимической модели: Кунафиев — «сын Кунафия». Такое окончание характерно для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или на -й (как в имени Кунафий). Если бы основа заканчивалась на твёрдый согласный, мы бы увидели суффикс -ов (например, Кунапов).

Географически фамилия Кунафиев наиболее распространена среди башкир и татар, особенно в северо-восточных районах Башкортостана и в Челябинской области. Это сужает круг поиска для носителя: вероятнее всего, предки были тюркоязычными мусульманами, крестьянами или воинами, получившими фамилию при переписях населения в XIX — начале XX века. Встречаются также варианты Кунафин и Кунапов, но Кунафиев — самая частотная форма.

Интересная деталь: в некоторых говорах имя Кунафий могли произносить как Кунапа, откуда пошла фамилия Кунапов. Но написание через «фий» точнее передаёт арабский оригинал и сохраняет религиозный подтекст имени — пожелание здоровья от самого творца.