Фамилия Кунафин, вероятно, происходит от мужского имени Кунафи, которое встречается в Башкирии. Само это имя, вероятно, происходит от арабского слова «кунафи» - так называется одно из лакомств. Традиционный арабский десерт кунафи готовится из сыра, сиропа и манной муки. Начинки у кунафи бывают разные: орехи, сыр моцарелла, крем. Скорее всего, использовался переносный смысл этого слова: имя Кунафи могло означать «сладкий», то есть «любимый, родной». Известны и другие подобные восточные имена (например, Бала - «мед»). Таким образом, потомок человека, которого звали Кунафи, со временем получил фамилию Кунафин. Фамилия Кунафин встречается преимущественно в Башкирии и Татарстане. Так, в документах начала XX века упоминаются 14 обладателей этой фамилии.