Фамилия Кунакин образована от имени Кунак. Оно ведет свое начало от слова qonaq, что в переводе с тюркского означает «гость». Веселовского упоминаются родственные фамилии: Кунаков Федор Васильевич, дьяк, 1630 г., Мещера; Адаш Васильевич Кунак, 1613 г., там же.