Фамилия Кунаковская — типичный пример того, как географическое название становится фамилией. Суффикс -ск- указывает на связь с местностью: такую фамилию мог получить человек, владевший или живший в селе или усадьбе с названием Кунаково, Кунаковка, Кунаково Поле. Подобные фамилии в основном носили дворяне, духовенство или выходцы из этих сословий, а также крестьяне, переселившиеся из такого имения и получившие прозвище по прежнему месту жительства.

Основа «Кунак» — тюркского происхождения, от слова «кунак» (гость, друг, приятель). В русских говорах это слово закрепилось в значении «приятель, дружище», особенно в казачьей среде и на южных окраинах России. Таким образом, топоним Кунаково первоначально мог означать «место, где живут кунаки» или «принадлежащее человеку по прозвищу Кунак». Встречается и фамилия Кунаков — от той же основы, но образованная по другой модели (с суффиксом -ов). Кунаковская — её «географическая» параллель.

Точная география фамилии невелика. Наиболее вероятные очаги — бывшие владения в центральной России, где встречаются деревни с названием Кунаково (например, в Тульской, Рязанской областях). Также возможна связь с украинскими или белорусскими землями, где суффикс -овск-/-евск- особенно распространён в фамилиях шляхты и духовенства. В любом случае, носительница фамилии Кунаковская может с высокой долей уверенности считать, что её предок был связан с конкретным поселением, а само имя этого поселения восходит к тюркскому слову «кунак» — гость.