Фамилия Кунанова — женская форма, образованная от мужской фамилии Кунанов. Её основа восходит к тюркскому личному имени Кунан (или Кунак), что в переводе с казахского, башкирского и татарского означает «жеребёнок» или, в переносном смысле, «рождённый в год Коня» по восточному календарю. В кочевых культурах такие имена давали мальчикам, желая им силы, выносливости и быстроты, как у лошади. Суффикс -ов (в женском варианте -ова) стандартно указывает на принадлежность: «сын (или дочь) Кунана».

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий тюркского происхождения. Фамилия Кунанов (и её женская форма) распространена в основном среди народов Поволжья и Урала — татар, башкир, казахов, а также в смешанных регионах, где русские фамилии адаптировали тюркские корни. Встречается и вариант Кунаков — с тем же значением, но через суффикс -ак, который в тюркских языках часто образует уменьшительно-ласкательные формы. Кунанов, соответственно, — более «русифицированный» вариант, где тюркское имя просто приросло славянским окончанием.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным русским словом «куна», которое в некоторых говорах означало «куница» или «мех куницы». Однако в таком случае фамилия звучала бы как Кунин или Куницын. Тюркский корень выглядит убедительнее из-за географической привязки и частотности подобных фамилий у народов, где имя Кунан было обычным.

Носители фамилии Кунанова — преимущественно потомки крестьян или казаков из южноуральских и заволжских областей, где смешивались славянские и тюркские роды. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировались у башкирских и казахских старшин, чьи дети при переходе в оседлость или при записи в русские сословия получали патронимическую фамилию по отцу. Сословной исключительности у Кунановых нет — фамилия встречается и среди крестьян, и среди мещан, а позже и в интеллигенции.