Фамилия Кундупян — армянская по форме, но её основа, скорее всего, пришла из другого языкового мира. Армянский суффикс -ян (в диалектах -янц, -енц) — самый распространённый фамильный формант в Армении. Он указывает на принадлежность к роду: буквально «из семьи Кундупа» или «потомок Кундупа».

Само имя Кундуп (встречается и вариант Хундуп) не имеет армянских корней. Судя по всему, это фонетически переработанный вариант алтайского или тибетского имени. Наиболее вероятная версия связывает его с тибетским именем, которое переводится как «тот, кому оказывают покровительство духи неба». Имя Хундуп (вариант Кундуп) также известно у тюркских народов — оно могло попасть в армянскую среду через многовековые контакты с тюркоязычными соседями, особенно в регионах исторической Западной Армении или в Закавказье.

Таким образом, фамилия Кундупян — пример того, как армянская словообразовательная модель «наложилась» на заимствованное личное имя. Носитель такой фамилии в прошлом, скорее всего, происходил из рода, где предка звали Кундупом — возможно, это было прозвище или имя, данное под влиянием восточных культурных традиций, где небесные духи и покровительство играли важную роль.

Поскольку фамилия редкая и нечастотная, её география, скорее всего, узкая — она могла закрепиться в одной локальной группе или среди армян, переселившихся из регионов со смешанным населением. Сословного барьера у фамилий на -ян в Армении не было: их носили и крестьяне, и ремесленники, и князья, поэтому по одной фамилии определить социальный статус предков невозможно.