Фамилия Кунесин — редкая и неочевидная для русского уха. На первый взгляд она похожа на притяжательное прилагательное, образованное с помощью суффикса -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность кому-то: «чей?» — Кунесин, то есть сын или потомок Кунеси. Но загвоздка в том, что имени Кунеся в древнерусских святцах или в ходячих крестильных именах нет. Значит, корень фамилии лежит не в церковной, а в мирской, прозвищной традиции.

Самая прямая версия отталкивается от слова «кунец» — старинного названия куницы. В некоторых говорах «кунеса» или «кунесь» могли называть либо самого зверька, либо человека, который с ним связан: охотника на куницу, скорняка, выделывающего куний мех, или торговца пушниной. Прозвище Кунеса мог получить человек ловкий, юркий или, наоборот, тот, кто носил шапку из куницы. Суффикс -ин в этом случае работает стандартно: Кунеса → Кунесин, то есть «родом из семьи Кунеси».

Есть и вторая, менее очевидная версия, связанная с географией. В некоторых регионах России, особенно на северо-западе, бытовали фамилии, образованные от названий рек или урочищ. Если существовала речка или местность с названием Кунеса (возможно, финно-угорского происхождения), то переселенец оттуда мог получить прозвище Кунеса, а его дети уже стали Кунесиными. Подтвердить это без конкретных архивных записей сложно, но для редкой фамилии такой вариант исключать нельзя.

Третья, совсем тонкая возможность — искажение при переписи. Фамилия могла изначально звучать как Кунеев (от имени Кунья, уменьшительного от Макарий или Конон) или Куницын, но из-за особенностей местного говора или ошибки писаря превратилась в Кунесин. Такие «фонетические метаморфозы» не редкость: например, фамилия Кунесин может быть записью фамилии Куницын, где «ц» перешло в «с» под влиянием акающего произношения.

Итог простой: с большой вероятностью предок носителя этой фамилии имел прозвище Кунеса, связанное с пушным зверем или его промыслом. Сословной привязки нет — такую фамилию мог получить и крестьянин-охотник, и посадский торговец. Точное происхождение можно установить только по конкретным записям в метрических книгах или ревизских сказках, но общее направление ясно: фамилия Кунесин — из мира прозвищ, а не из святцев.