Фамилия Куничук — яркий пример того, как по суффиксу можно безошибочно определить регион происхождения. Она образована с помощью типичного западноукраинского суффикса -чук, который в Подолье, на Волыни и в Галичине указывал на сына или ученика: Куничук — «сын (или потомок) Куника». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где основа — полное имя, здесь мы видим уменьшительную форму.

В основе фамилии лежит прозвище или некалендарное имя Куник. Чаще всего его связывают с диалектным украинским словом «куниця» — куница. Прозвище Куник могли дать ловкому, хитрому человеку, удачливому охотнику на пушного зверя или тому, кто носил шапку из куницы. Впрочем, существует и другая, менее распространенная версия: Куник — это производное от канонического имени Никита. В украинской народной традиции имя Никита могло сокращаться до Кунька или Куника, а уже от этой формы пошла фамилия. Первая версия (от названия животного) кажется более правдоподобной, поскольку прозвища от названий зверей на Украине давали охотно и часто.

Фамилия Куничук почти не встречается в России севернее Курской и Белгородской областей. Её основной ареал — Винницкая, Хмельницкая и Житомирская области Украины, а также прилегающие районы Молдовы. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или казаками из Поднестровья. В польских метриках XVIII—XIX веков фамилия фиксируется в формах Kunik, Kunikiewicz и Kunicki, но именно вариант с суффиксом -чук закрепился как самый массовый.

Отдельного внимания заслуживает ударение. В украинском языке оно падает на последний слог: Куничу́к. В русском быту фамилию часто произносят с ударением на второй слог, но это искажает исходную словообразовательную модель, где суффикс -чук всегда ударный.