Фамилия Кунях — редкая и необычная по своему строению. В русской ономастике она стоит особняком, потому что не вписывается в типовые модели с суффиксами -ов, -ин или -ский. Её основа — Кунях — представляет собой застывшую форму, которая, скорее всего, восходит к прозвищу или, что вероятнее, к тюркскому личному имени.

Ключ к разгадке — в корне «кун». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) «күн» означает «солнце» или «день». Имя Кун (или Куня) встречалось у народов Поволжья и Сибири как самостоятельное или как часть составного имени. Суффикс -ях в таком случае — это не русский патронимический суффикс, а, возможно, искажённое тюркское окончание или адаптация прозвища на русской почве. Другая версия, менее надёжная, связывает фамилию с диалектным словом «куня» — так в некоторых говорах называли куницу или мех куницы. Тогда Кунях могло быть прозвищем охотника или торговца пушниной.

География фамилии подсказывает её происхождение. По данным современных переписей, Кунях встречается в основном в Сибири и на Урале — в Томской, Кемеровской областях, Красноярском крае. Это как раз регионы активного смешения русского и тюркского населения в XVI–XIX веках. Фамилия могла закрепиться за крещёным татарином или башкиром, чьё родовое имя Кунях (уменьшительное от Кун) перешло в паспорт при переходе в православие.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает тюркский след. Куняев, Кунеев, Куняшев — все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Кунях же — архаичная форма, сохранившаяся без добавления типового русского окончания. Это указывает на то, что носители фамилии долгое время жили обособленно, в среде, где не требовалось «русифицировать» фамилию через -ов. В дореволюционных метриках Кунях могло писаться и как Куняхъ, и как Куняг — с «г» на конце, что типично для южносибирского произношения.

Таким образом, Кунях — это не случайный набор звуков, а осколок древнего именослова. Предки современных носителей, скорее всего, были тюркоязычными людьми, получившими фамилию по личному имени, связанному с солнцем. Фамилия не получила широкого распространения и осталась редкой, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: все Куняхи, вероятно, восходят к одному или нескольким родственным родам из Сибири или Урала.