Фамилия Куппаев — редкий случай, когда основа, скорее всего, не тюркская, а финно-угорская, что для русских фамилий Поволжья необычно. Если отбросить суффикс -ев (указывающий на принадлежность: «чей?» — Куппаев, то есть сын или потомок Куппая), остаётся корень Куппа-. Сразу заметно: двойное «п» нехарактерно для исконно русских прозвищ, а значит, слово пришло из другого языка.

Самая вероятная версия ведёт к мордовским (эрзянским или мокшанским) именам. В эрзянском языке есть слово «купо» — «горб» или «сутулый». От него образовывали прозвища Купай, Куппай для человека с характерной осанкой или горбатого. Удвоение «п» в русской записи часто возникает, когда исходное слово звучит с кратким, но напряжённым согласным — на слух оно кажется «двойным». Таким образом, Куппаев — это «потомок Куппая», то есть сын человека, которого прозвали Горбуном или Сутулым.

Менее убедительна, но возможна связь с тюркским корнем «кюп»/«куп» — «кувшин», «сосуд». В этом случае прозвище Куппай могли дать бондарю или торговцу посудой. Однако для татарских и башкирских фамилий типичнее форма Куппаров или Куппаров, а окончание -ев встречается реже. Поэтому мордовский след выглядит надёжнее.

Географически фамилия привязана к зоне мордовского расселения: Пензенская область, юг Нижегородской, Мордовия, возможно, Самарская область. Встречаемость низкая: в современных телефонных справочниках и базах данных Куппаевы — единицы. Это говорит о том, что фамилия не разошлась широко, осталась локальной.

Словообразовательная модель проста: личное имя Куппай (от прозвища) плюс русский патронимический суффикс -ев, который закрепился в документах при переписях. Никакого дворянского или крестьянского сословия по фамилии не угадать — перед нами типичная «фамилия одного села», которую могли носить как государственные крестьяне, так и бывшие помещичьи.