Фамилия Купреенко прямо говорит о происхождении: её основа — разговорное имя Купрей, один из народных вариантов крестильного имени Куприян. В переводе с греческого это имя означает «житель Кипра», и в старину его давали при крещении. Фамилия образована по типичной украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын», «потомок» или «младший родственник». Таким образом, Купреенко — это буквально «сын Купрея», и фамилия закрепилась за детьми или ближайшими родственниками человека, которого в быту звали Купреем.

Интересно, что полное церковное имя Куприян дало и другие фамилии: Куприянов, Купреянов, Купреев. Но форма Купреенко — с суффиксом -енко — типична для украинской ономастики, особенно для левобережных и южных земель. Встречается она и в Беларуси, где такие фамилии тоже распространены, но реже. В России фамилия Купреенко чаще всего локализуется в областях, граничащих с Украиной, — в Курской, Белгородской, Воронежской, а также среди переселенцев на Кубани.

Сам звуковой облик фамилии — с ударением на второй слог (Купре́енко) — тоже выдает её украинское происхождение: в русских фамилиях на -енко ударение чаще падает на -ко (Куприя́нко, Купре́йко), а здесь оно смещено на корень. Это дополнительный маркер, по которому можно предположить, что предки носителя фамилии жили в среде, где был распространён именно украинский говор.

Социально фамилия Купреенко не несёт указания на дворянство или знатное происхождение. В малороссийской среде такие фамилии на -енко носили казаки, мещане, крестьяне — люди, чьё положение определялось не родословной, а личной службой или ремеслом. Купрей как прозвище мог закрепиться за человеком, которого в селе знали именно под этим именем, а его дети уже пошли по фамилии отца.

Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего стоят Купреев, Купреянов, Куприенко, Купрейчик. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами, которые указывают на регион: -енко — Украина, -ов — центральная Россия, -евич — Беларусь и западные земли. Фамилия Купреенко стоит в этом ряду как яркий представитель южнорусской и украинской традиции имяобразования.