Фамилия Купреенкова — редкий случай, когда женская форма закрепилась в документах прочнее мужской. В официальных списках и бытовом употреблении чаще встречается именно Купреенкова, а не Купреенков, что указывает на происхождение из семьи, где главой была женщина (вдова или мать-одиночка), либо на традицию некоторых регионов фиксировать фамилии по материнской линии.

Основа фамилии — имя Купреян. Это народная, просторечная форма канонического имени Киприан (от латинского Cyprianus — «кипрский», то есть родом с Кипра). В русских говорах имя трансформировалось: Киприан → Куприян → Купреян. Такая замена «и» на «е» характерна для южнорусских и украинских диалектов, где безударное «и» звучит как «е». Поэтому географически фамилия Купреенкова тяготеет к Черноземью, Курской, Орловской, Воронежской областям, а также к территориям современной Украины.

Суффикс -енк- (вместо более привычного -ов-) — это уменьшительный формант, характерный для восточнославянских фамилий. Он указывает на «малого», «младшего»: Купреенко — буквально «маленький Купрея», «сын Купрея». Модель образования через -енко типична для украинской и белорусской ономастики, а окончание -а в русском языке закрепило женскую форму. Таким образом, Купреенкова — это «жена или дочь Купреенко».

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами. В дворянской среде такие «полуотчества» на -енко не приживались — там предпочитали полные формы (Киприанов или Куприянов). Фамилия Купреенкова фиксируется в метрических книгах конца XIX века, но не образует крупных родовых гнезд: она рассредоточена по небольшим селам и хуторам, что типично для поздних фамилий, возникших после отмены крепостного права.

Спорных версий у этой фамилии почти нет. Соблазнительно связать ее с «купреей» (старое название меди или латуни), но лингвистически это натяжка: ударение в фамилии падает на «е» (Купре́енкова), а в слове «купрея» — на «я». Основная версия с именем Киприан остается единственной надежной.