Фамилия Купренко образована от имени Купрей — одного из разговорных вариантов крестильного имени Куприян, которое восходит к греческому Киприану, то есть «житель Кипра». В народной среде это имя обросло множеством обиходных форм: Купрей, Куприк, Купрюта, и фамилия Купренко возникла как раз от такой производной основы. Суффикс -енко типичен для украинской и южнорусской традиции: он указывает на родство по отцу, буквально «маленький Купрей» или «сын Купрея».

Такой способ словообразования — один из самых распространённых в восточнославянской антропонимии, но именно в формах на -енко он особенно характерен для Левобережной Украины, Полтавщины и Черниговщины. Согласно данным о распространённости, фамилия Купренко сегодня встречается преимущественно на юге России и в Украине, что подтверждает её региональные корни.

Интересно, что имя Куприян в народе иногда путали с именем Кузьма, поэтому в некоторых говорах Купреем могли называть и человека, носившего имя Кузьма. Однако основная, наиболее правдоподобная версия — связь именно с Киприаном. Альтернативные гипотезы, связывающие фамилию с прозвищем от слова «купри» (кудри), выглядят менее убедительно, так как суффикс -енко в первую очередь указывает на отчество, а не на прозвищную характеристику.

Таким образом, предки носителя фамилии Купренко — это потомки человека по имени Купрей, жившего, скорее всего, в украинских или южнорусских землях. Сама фамилия не говорит о сословной принадлежности: её могли носить и крестьяне, и казаки, и мещане.