Фамилия Купреенков образована от имени Купрей — одного из разговорных, народных вариантов крестильного имени Куприян. В свою очередь, Куприян восходит к греческому слову со значением «житель Кипра». Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище и не ремесло, а имя родоначальника, который в быту звался Купреем.

С точки зрения словообразования фамилия следует классической русской модели: к основе Купрей прибавляется суффикс -енк-, характерный для восточноукраинских и южнорусских земель, а затем фамильный суффикс -ов. Форма Купреенков буквально означает «сын (или потомок) Купрея». Интересно, что суффикс -енк- в этой фамилии указывает на региональное происхождение: такие фамилии чаще всего встречались на территории современных Брянской, Курской, Белгородской областей, а также в Слобожанщине, где смешивались русские и украинские антропонимические традиции.

У имени Куприян (через народное Купрей) есть и другие «родственники» в русских фамилиях: Куприянов, Купреянов, Купреев, Куприенко. Все они восходят к одному и тому же каноническому имени, но различаются по суффиксам и ареалу бытования. Фамилия Купреенков — одна из самых редких в этом гнезде: если Куприяновых много по всей России, то носители формы с -енков встречаются локально, что косвенно подтверждает её узкую географическую привязку.

Сведений о сословной принадлежности первых Купреенков нет: фамилия могла возникнуть как в крестьянской, так и в мещанской среде. В документах XVIII–XIX веков она фиксируется в основном в южных уездах Российской империи, что согласуется с моделью на -енков. По данным современных справочников, Купреенковы — немногочисленная, но устойчивая фамилия, сохранившая память о своём корне — имени Купрей, которое сегодня почти вышло из употребления.