Фамилия Кусайнов — тюркская по происхождению, и её разумнее всего рассматривать не через славянскую, а через арабо-тюркскую ономастику. Основа фамилии — арабское имя Хусайн (в русской передаче часто пишется как Гусейн, Хусейн, Кусайн). Имя это означает «хороший», «добрый», «красивый» — так звали внука пророка Мухаммада, и в исламском мире оно чрезвычайно распространено. Форма «Кусай» — один из вариантов произношения и записи этого имени в тюркских языках, где начальный «х» нередко выпадает или заменяется на «к».

Окончание -ов указывает на русскую модель оформления фамилии, которая закрепилась за тюркскими родами после вхождения регионов в состав Российской империи. Фамилия Кусайнов буквально означает «потомок Кусая» (Кусай + -ов), то есть принадлежащий к роду человека по имени Кусай. Это типичная «патронимическая» фамилия, образованная по схеме, общей для многих народов Поволжья, Урала и Казахстана.

Географически фамилия Кусайнов чаще всего встречается у татар, башкир и казахов. В татарской среде она могла закрепиться через имя Кусай (Кусаин) — один из вариантов имени Хусаин. В казахском языке имя Құсайын (Кусайын) также известно, и фамилия Кусайнов — его прямое производное. Встречаются и параллельные формы: Кусаев, Кусаинов, Гусейнов — все они восходят к одному корню, но различаются степенью фонетической адаптации.

Интересная деталь: фамилия Кусайнов не имеет никакого отношения к русскому глаголу «кусать», хотя на слух такое сближение напрашивается. Это случайное звуковое совпадение, не более того. Если искать однокоренные русские фамилии, то их нет — корень чисто арабский, пришедший через тюркское посредничество. Социально фамилия не была закреплена за каким-то одним сословием: её могли носить и крестьяне, и купцы, и духовные лица (муллы), поскольку имя Хусайн почитается всеми мусульманами.