Фамилия Кусайнова — женская форма мужской фамилии Кусайнов, а та, в свою очередь, образована от тюркского имени Кусайн. Это имя — один из вариантов произношения арабского имени Хусейн (в русской традиции чаще встречается как Гусейн или Хусейн). Хусейн — имя внука пророка Мухаммеда, которое означает «хороший», «красивый», «маленький красавец». Таким образом, в основе фамилии лежит личное имя, а не прозвище или род занятий. В среде тюркоязычных народов (татар, башкир, казахов, народов Кавказа) имена, восходящие к Хусейну, были широко распространены, и фамилия Кусайнов — прямое указание на то, что предка звали Кусайн.

Суффикс -ов в фамилии Кусайнов — классический русский патронимический формант, который добавили к тюркской основе в процессе русификации, чаще всего в XIX–XX веках. По этой модели образованы тысячи фамилий: от Иван — Иванов, от Кусайн — Кусайнов. Важно, что в исходной тюркской среде отчества и фамилии могли образовываться по-другому (например, с суффиксами -улы, -кызы), но при записи в российских документах форма с -ов стала стандартной.

Географически фамилия Кусайнова и Кусайнов встречается преимущественно у татар и башкир, а также у казахов, хотя у последних чаще закрепляется форма Кусайнов или Кусайнулы. В русских переписях и метрических книгах Поволжья и Приуралья можно найти носителей этой фамилии в среде крестьян и мещан — никакого исключительного сословного статуса она не давала. Интересная деталь: в некоторых диалектах башкирского и татарского языков имя Кусайн могло произноситься как «Кусай» (без конечного «н»), и от этой сокращённой формы тоже образовывались фамилии — Кусаев, Кусайкин. Но вариант Кусайнов встречается чаще и считается более полным, близким к арабскому первоисточнику.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кусайнова стоит в одном ряду с Гусейновым, Гусейновой, Хусаиновым, Хусаиновой. Разница в написании — результат адаптации арабского звука «х» к разным тюркским и русским произносительным нормам: где-то его передавали как «х», где-то как «к» или «г». Фамилия Кусайнова — не самая распространённая, но и не редкая; её носительницы есть в Татарстане, Башкортостане, Челябинской и Оренбургской областях.