Фамилия Кусайын — редкая и нетипичная для русской ономастики. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые указывали бы на принадлежность к роду по отцу. Сама основа Кусайын не встречается в древнерусских именах или прозвищах, что сразу подсказывает: перед нами фамилия, скорее всего, заимствованная из другого языка, а не образованная на русской почве.

Наиболее вероятное происхождение — тюркское, в частности, казахское или башкирское. В казахском языке есть личное имя Құсайын (Кусайын), которое является одной из диалектных или народных форм арабского имени Хусейн (حسين). Хусейн — имя внука пророка Мухаммеда, широко распространённое у мусульманских народов. Разница между литературным «Хусейн» и народным «Кусайын» объясняется особенностями тюркской фонетики: начальный «х» часто переходит в «к», а гласные адаптируются под местное произношение. Таким образом, фамилия Кусайын — это отчество или прямое наследственное имя, перешедшее в фамилию без дополнительных суффиксов, что характерно для многих тюркских народов.

Словообразовательная модель здесь проста: фамилия совпадает с исходным личным именем. В русской среде такие фамилии иногда называют «неоформленными» или «голыми», потому что они не получили типичного русского патронимического суффикса. Это указывает на то, что носители фамилии, вероятно, были крещены или записаны в документах уже в период, когда тюркские имена фиксировались русскими писцами «как слышатся», без переделки на русский лад. Встречается такая модель в среде татар, башкир, казахов, а также у тех, кто переселился в русские регионы из Поволжья или Средней Азии.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает понять границы бытования. Если взять фамилию Кусаев — она явно образована от той же основы, но с русским суффиксом -ев (Кусай + ев). Кусайын же сохранила исходную форму без суффикса. Это редкий случай: в русских документах фамилии на -ын обычно образуются от основ на -а/-я (например, Пушка — Пушкин), а здесь -ын является частью тюркского корня, а не русским суффиксом. Такая особенность делает фамилию Кусайын ценной для лингвистов: она демонстрирует, как имя собственное переходит из одной языковой системы в другую почти без изменений.

Географически фамилия Кусайын сегодня встречается в основном на юге России, в Оренбургской области, Башкортостане, Татарстане, а также в Казахстане. В дореволюционных метрических книгах её почти нет, что говорит о позднем оформлении: вероятно, фамилия закрепилась в советское время, когда паспортизация требовала единой записи для всех членов семьи. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, а само имя Кусайын давалось в честь мусульманского святого, что указывает на религиозную традицию в роду.