Фамилия Кушанкин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность. Такую фамилию давали по отцу: Кушанка — это не имя, а прозвище или мирское имя, которое носил предок. Суффикс -ин в данном случае присоединяется к основе, оканчивающейся на -а, поэтому фамилия звучит как Кушанкин, а не Кушанов.

Само прозвище Кушанка восходит к слову «кушанка». В русских говорах, особенно северных и сибирских, так называли варежку, рукавицу, иногда — меховую или грубой вязки. В переносном смысле Кушанкой могли прозвать человека, который постоянно носил такие рукавицы (охотника, лесоруба, ямщика) или, возможно, мастера, их вязавшего. Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским «куш» (птица) или с древнерусским «куша» (корзина, плетёнка), но она не находит надёжного подтверждения в ономастических источниках.

В русской антропонимике фамилии на -ин от основ с уменьшительно-ласкательным суффиксом -к- (Кушанка, а не Кушан) типичны для крестьянской среды XVI–XVII веков. Такие прозвища часто были неофициальными и привязывались к бытовой детали: одежде, ремеслу, привычке. По сравнению с фамилией Кушаков (от «кушак» — пояс) или Кушнеров (от еврейской фамилии, родственной «кушнер» — скорняк), Кушанкин стоит особняком — его корень узко бытовой, без явной сословной или этнической окраски.

Географически фамилия Кушанкин встречается редко, преимущественно в центральных и северных областях России: в Вологодской, Архангельской, Кировской областях. Это подтверждает связь с северорусскими говорами, где слово «кушанка» было в ходу. Встречаются варианты написания Кушанин, Кушанкин (с одной «н»), но они могут быть результатом описок в метрических книгах XIX века. Сегодня фамилия остаётся малочисленной, что делает её интересной для генеалогического поиска: круг носителей узок, и при желании восстановить линию предков по документам вполне реально.