Фамилия Кушаев образовалась от личного имени Кушай, и её происхождение связано с несколькими тюркскими корнями, каждый из которых предлагает свою версию значения. Наиболее вероятная основа — татарское слово «күшәү», что означает «жевать, кушать, есть». В таком случае имя Кушай могло быть прозвищем, которое дали ребенку с отменным аппетитом — ласковое, бытовое прозвище, закрепившееся в семье.

Другая версия отталкивается от татарского прилагательного «къуш» — «двойной, сдвоенный, парный». С присоединением призывно-обращательно-повелительного аффикса -ай имя Кушай приобретает значение «обретай пару, множься, плодись». Такое имя могли дать одному из близнецов, подчеркивая его парность, или как пожелание многодетности и продолжения рода.

Существует и третья, этимологическая связь с древнетюркским «куш» — «птица». В этом контексте имя Кушай толкуют как «вожак птичьей стаи», а в переносном смысле — «старейшина рода». Эта версия рисует образ предводителя, человека, стоящего во главе общины. Какая из гипотез верна — сказать сложно, но все они указывают на тюркские корни, скорее всего, из среды поволжских татар или башкир.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или -й. Кушаев — буквально «сын Кушая». Встречается фамилия в разных регионах, но наиболее характерна для Татарстана, Башкортостана, Оренбургской и Челябинской областей, что подтверждает её восточное происхождение.