Фамилия Кушенко образована по типичной для украинских и южнорусских земель модели — с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс указывал на «сына» или «потомка»: Кушенко буквально означало «чей-то сын» или «младший родственник». Основа фамилии — прозвище Куша или Куш, которое могло иметь несколько источников.

Самая вероятная версия связывает прозвище Куш с диалектным словом «куша» — так в некоторых говорах называли небольшой плетеный короб или мешок. Прозвище мог получить корзинщик, торговец, носивший товар на спине, или человек с характерной осанкой, напоминающей сгорбленную фигуру под ношей. Менее распространённая версия возводит основу к тюркскому «куш» (птица) — прозвище могло принадлежать охотнику или человеку с лёгким, быстрым нравом. Но в контексте украинской ономастики первая версия выглядит правдоподобнее: суффикс -енко активно присоединялся к бытовым прозвищам, а не к заимствованиям.

Географически фамилия Кушенко встречается преимущественно на территории современной Украины и в прилегающих областях России — в Черниговской, Полтавской, Сумской, а также в Краснодарском крае. Это согласуется с историей расселения украинских крестьян и казаков. В реестрах запорожского казачества XVII–XVIII веков встречаются отдельные носители фамилии, но массовое распространение она получила позже, в XIX веке, когда фамилии на -енко стали фиксироваться как наследственные у всех сословий.

С точки зрения социального контекста, фамилия Кушенко не принадлежала к дворянским или духовным родам — её носители были преимущественно крестьянами и казаками. В этом смысле она типична для украинской антропонимии: простые прозвища, закреплённые за родом, без претензии на знатность. Сегодня фамилия не считается редкой, но и не входит в число самых распространённых: по разным оценкам, в России и Украине её носят от нескольких сотен до пары тысяч человек.