Фамилия Кушина — яркий пример «матронимической» модели, то есть образованной от женского имени. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ин, которые происходят от мужских имён или прозвищ (Иван → Иванов, но Иванов сын → Иванов; а вот от женского имени — Княгинин), здесь в основе лежит имя Куша. Это уменьшительно-ласкательная форма от женских имён Акулина (через вариант Акулина → Акуля → Куша) или, реже, от Прасковья (Парасковья → Параня → Параша → Куша). В народной речи такие сокращения были обычны: из длинного церковного имени делали короткое и удобное для повседневного обихода.

Суффикс -ин в данном случае указывает на принадлежность: «чей?» — Кушин, то есть «сын (или дочь) Куши». На практике фамилия Кушина чаще всего закреплялась как женская форма, но в современном русском языке это стандартное окончание для фамилий, обозначающих лиц женского пола, если мужской вариант — Кушин. Однако исторически фамилия могла быть дана и женщине, и мужчине: в документах XVII–XVIII веков встречаются записи вроде «вдова Кушина» или «крестьянин Кушин», где окончание указывало на форму, а не на пол носителя.

Географически фамилия Кушина не привязана к какому-то одному региону — она встречается по всей Центральной России и Поволжью, что говорит о её общенародном происхождении. В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) подобные матронимы обычно относят к северным и центральным губерниям, где женские имена в основе фамилии встречались чаще, чем на юге. Это может указывать на то, что предок-носитель фамилии был либо внебрачным сыном, либо ребёнком, у которого отец умер или отсутствовал, и род пошёл по материнской линии — нередкая ситуация в крестьянской среде.

Встречается и менее распространённая версия: от прозвища Куша, которое могло означать «куцый», «короткий» или «малорослый» (сравните с диалектным «куша» — кусочек, обрубок). Но эта гипотеза слабее, так как прозвища редко образовывали фамилии через -ин без мужского имени-основы. И всё же полностью исключать её нельзя: в говорах слово «куша» фиксировалось как «небольшая вещь» или «пучок», что могло стать прозвищем для человека невысокого роста или с какой-то характерной чертой.

Таким образом, основное значение фамилии Кушина — «принадлежащая Куше», то есть потомок женщины с ласковым именем Куша. Это редкий случай, когда фамилия прямо напоминает о женском имени предка, а не о мужском, и потому она особенно интересна для семейной истории.