Фамилия Кушиничева — редкий пример, где женская форма закрепилась в документах раньше или наравне с мужской. В современном русском быту мужской вариант — Кушиничев, но исходная фамилия могла образоваться и от прозвища в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ев. Основа здесь — «Кушинич» или «Кушиник», что сразу указывает на белорусское или украинское происхождение: суффикс -ич типичен для западнорусских земель и означает «сын такого-то» или «потомок».

Самая вероятная версия: корень «куш» восходит к тюркскому «куш» — птица. В южнорусских и казачьих говорах «куш» или «куша» могло быть прозвищем ловкого, быстрого человека либо птицелова. Если же отталкиваться от глагола «кушить» (в диалектах — есть, кушать), то прозвище Кушиня давали любителю поесть или хлебосольному хозяину. Но «кушинич» скорее отыменное: Кушиня — уменьшительное от Куша или Кузьма (через народную форму Куша).

Суффикс -ичев в фамилиях обычно указывает на «сына Кушинича», то есть внука человека по прозвищу Кушиня. Такая трёхступенчатая модель (прозвище → отчество → фамилия) встречается реже, чем простая патронимия, и говорит о давнем закреплении фамилии, возможно, ещё в XVI–XVII веках среди служилых людей или крестьян северо-запада России.

Географически фамилия Кушиничев/Кушиничева тяготеет к Брянской, Смоленской областям и востоку Беларуси — регионам, где смешивались русские, белорусские и польские ономастические традиции. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается спорадически, что подтверждает её локальный характер: носители, скорее всего, происходили из одного или нескольких соседних сёл.

Написание через «и» после «ш» — не ошибка, а отражение мягкого произношения: в белорусском и западнорусских говорах «ш» перед «и» смягчается, что и закрепилось на письме. Если бы фамилия была великорусской, мы бы ожидали форму Кушинечев или Кушинцев, но здесь именно «Кушиничев» — маркер западного влияния.