Фамилия Кушин образована от прозвища Куша, и здесь есть несколько версий происхождения. Наиболее вероятная связывает прозвище с названием рыбы-молота — её в некоторых говорах называли «куша». В таком случае прозвище попадает в обширную группу «рыбьих» фамилий, где за основу брали названия рыб, которыми увлекался или промышлял человек. Так, предок Кушиных мог быть завзятым рыбаком или торговать рыбой.

В народной традиции прозвища, образованные от названий животных и рыб, нередко давали и детям. Считалось, что, назвав младенца Кушей, родители «прятали» его от злых сил, делая частью природы. Ребёнок как бы получал защиту и качества, которыми, по поверьям, обладала эта рыба.

Менее вероятна версия, связывающая прозвище Куша с диалектным словом «куш» — большая сумма денег, выигрыш. По этой гипотезе, предок однажды «сорвал куш» — выиграл или неожиданно заработал крупную сумму, и это событие закрепилось за ним в виде прозвища. Однако эта версия уступает первой: «рыбья» основа встречается в фамилиях гораздо чаще, а слово «куш» в значении денег — заимствование из тюркских языков, которое редко становилось основой для русских прозвищ.

Сама фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Куша добавили патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — Кушин, то есть сын Куши). Фамилия закрепилась в форме, типичной для северных и центральных регионов России, где суффикс -ин столь же распространён, как и -ов.