Фамилия Куштапова — женская форма фамилии Куштапов. Её основа неочевидна для носителя русского языка, и это как раз тот случай, когда за привычным суффиксом -ов скрывается нерусский корень. Фамилия образована по стандартной модели русской патронимии: к основе прозвища или имени добавили суффикс принадлежности -ов. Такую фамилию мог получить сын человека по прозвищу Куштап.

Само слово «куштап» — тюркское, скорее всего, башкирское или татарское. В тюркских языках «куш» означает «птица», а «тап» — корень со значением «находить», «отыскивать». Прозвище Куштап могло означать «птицелов», «тот, кто находит птиц». В кочевых и полукочевых культурах охота с ловчими птицами была престижным и распространённым занятием, поэтому прозвище по такому ремеслу вполне естественно. Менее вероятная, но возможная версия — сложение «куш» (птица) и «тап» (нога, ступня), что могло дать образное прозвище вроде «птичья нога» (по лёгкости или быстроте).

Фамилия Куштапов характерна для башкир и татар, особенно в южных и восточных районах Башкортостана, а также в Оренбургской и Челябинской областях. В русском контексте она закрепилась через межэтнические контакты и документы XVIII–XIX веков, когда крестьянам и служилым людям из башкирского сословия массово записывали фамилии по отцу. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась уже по русскому образцу, а не по тюркской модели (например, Куштапов-оглы).

Встречаются варианты написания с одной «п» — Кушапов, но это уже другая основа, от имени Кушай. Для фамилии Куштапова характерно ударение на второй слог: Кушта́пова, хотя в диалектах возможно смещение на последний.