Фамилия Куськусь — один из самых необычных и редких случаев в русской ономастике. Вопреки ожиданиям, её корни, скорее всего, не связаны с глаголом «кусать» или уменьшительно-ласкательными формами. Словообразовательная модель здесь уникальна: повторение корня «кусь» с нулевым окончанием характерно для тюркских языков, где редупликация (удвоение основы) часто служит для усиления значения или образования звукоподражательных междометий. В русском языке фамилии с чистой редупликацией практически не встречаются, что делает Куськусь ярким исключением.

Самая вероятная версия — фамилия могла возникнуть в среде тюркских народов Поволжья или Сибири (татары, башкиры, чуваши) и позднее была русифицирована при записи в документы. Основа «кусь» в тюркских языках может означать «птица» (например, «куш» в татарском), а удвоение «кусь-кусь» — ласкательное или детское обращение к птенцу. В этом случае фамилия — не прозвище, а переосмысленное прозвание по тотему или профессии (птицелов, сокольничий). Альтернативная, но менее убедительная гипотеза связывает её с коми-зырянским диалектом, где «кусь» — «сухой, худой», а повторение могло означать «очень худой». Однако документальных подтверждений этой версии нет.

Географически носители фамилии Куськусь фиксируются преимущественно в Западной Сибири и на Урале, что косвенно подтверждает тюркскую или финно-угорскую гипотезу. Сословного анализа провести не удаётся: фамилия настолько редка, что не попала ни в дворянские родословные книги, ни в ревизские сказки массово. Скорее всего, предки были государственными крестьянами или казаками, принявшими фамилию по прозвищу при переписях XIX века.

В отличие от фамилий с суффиксами -ов/-ев, Куськусь не несёт указания на отчество или принадлежность. Это «застывшая» форма прозвища, которая не склонялась и не менялась. Сегодня она воспринимается как экзотическая, но для своего времени была просто точной записью того, как человека называли в быту — возможно, за лёгкость, подвижность или привычку издавать свистящие звуки, напоминающие птичий щебет.