Фамилия Кустипаев — редкая, и её разбор начинается с вопроса: что это за корень, если не «куст»? Вопреки ожиданию, основа здесь не русская, а тюркская, и фамилия образована по русской патронимической модели.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское составное имя Кус(т)ипай или Кус(т)ибай. Первая часть — «кус» или «куш» (птица, сокол, беркут) или «куст» (в татарском и башкирском «кустым» — «я укрепил» или «поддержка»). Вторая часть — «бай» (хозяин, богач, господин). Имя Кусбай («птица-богач» или «соколиный хозяин») — распространённый тип древних личных имён у башкир, татар, казахов. Вариант Кустибай мог возникнуть из более полной формы, где «куст» — это усечённое «кустырыу» (собирать, копить), то есть имя со значением «собирающий богатство».

Фамилию образовали суффиксом -ев, добавив его к тюркскому имени Кустипай. Русский суффикс -ев (а не -ов) указывает, что основа оканчивается на мягкий согласный или й. Так Кустипай превратился в Кустипаев — «сын Кустипая». Такая модель — тюркское имя плюс русский патронимический суффикс — типична для фамилий, возникших на границе русских и тюркских территорий, особенно в Поволжье, Приуралье и Западной Сибири.

Географически фамилия Кустипаев привязана к Оренбургской области, Башкортостану и Татарстану. Носители — потомки башкирских, татарских или казахских родов, которые в XVII–XIX веках вошли в состав казачества или крестьянского сословия. Фамилия не дворянская, а скорее крестьянская или казачья: её давали по отцу, без сословных привилегий.

Других версий — от названия растения «кустик» или от прозвища «Кустипай» — не существует в ономастике. Связь с русским словом «куст» маловероятна: суффикс -ипай в русских прозвищах не встречается, а в тюркских именах — регулярно. Так что корень фамилии — не ботаника, а антропонимика кочевников.