Фамилия Кустяева — это женская форма, а мужская, Кустяев, образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ев. Суффикс указывает на принадлежность: Кустяев буквально значит «сын Кустяя» или «человек из рода Кустяя». Основа здесь — Кустяй, и вот с ней интереснее всего.

Слово «кустяй» в русских говорах не было общеупотребительным литературным именем. Скорее всего, это прозвище, и его корень — «куст». В диалектах «кустяй» могли называть человека за внешность или характер: низкорослого, коренастого, «кустистого», то есть плотного, сбитого, или же того, кто живёт в лесистой, кустарниковой местности. Есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых регионах «кустяй» — вариант слова «кустарь», то есть ремесленник, работающий на дому, но это сближение требует оговорок, так как суффикс -яй скорее характерен для прозвищ по внешнему признаку.

Географически фамилия Кустяевых встречается не повсеместно, а тяготеет к центральным и поволжским областям России. Это не редкая, но и не массовая фамилия, что типично для прозвищ, которые не стали основой для целых крестьянских династий. В дореволюционных списках крестьян и мещан Кустяевы фиксируются, например, в Пензенской и Симбирской губерниях.

Что отличает эту фамилию от однокоренных, вроде Кустова или Кустикова? Суффикс -яй придаёт основе оттенок просторечия и даже некоторой фамильярности. Кустяй — это не просто «куст», а что-то вроде «кустишка» или «кустоватый человек». Такие прозвища давали в деревне метко, по-свойски, и они редко попадали в официальные документы, но если попадали — закреплялись надолго. Так что предок носителей фамилии Кустяевых был, скорее всего, человеком приземистым, крепким, «корнем вросшим» в свою землю, или же просто жил среди густых зарослей, что и стало его деревенским именем.