Фамилия Кустякова — женская форма фамилии Кустяков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Кустяк. Разберёмся, что могло лежать в основе. Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «куст». В русских говорах «кустяк» или «кустяга» — это густой, разросшийся куст, кустарник. Прозвище Кустяк могли дать человеку невысокому, коренастому, с пышной шевелюрой или, наоборот, тому, кто жил в лесистой, заросшей местности. Такие прозвища были распространены в среде крестьян, где внешность и место жительства служили главными опознавательными знаками.

Менее распространённая, но не менее интересная версия — происхождение от неканонического имени Куст или Кустик. В дохристианской Руси имена по растениям (Трава, Лопух, Калина) давали как обереги: считалось, что «растительное» имя спрячет ребёнка от злых сил. В этом случае Кустяк — уменьшительная форма такого имени, а Кустяковы — потомки человека по имени Куст.

Суффикс «-як» в основе (Куст-як) характерен для прозвищ, указывающих на носителя качества: «кругляк» (круглый), «добряк» (добрый). Здесь тот же принцип: Кустяк — это человек, ассоциируемый с кустом. Фамилия закрепилась с типичным русским суффиксом принадлежности «-ов», указывающим на родство: «чей?» — Кустяков, то есть сын или потомок Кустяка.

Встречаемость фамилии невысокая, она тяготеет к центральным и южным регионам России, где диалектные формы слова «куст» были особенно живучи. Встречаются также варианты написания Кустяков, Кустякова, что может быть связано с особенностями местного произношения или ошибками в документах. Однокоренных фамилий немного: Кустов, Кустиков, Кустенко — все они из того же «растительного» гнезда, но Кустякова выделяется именно редким суффиксом, который сразу указывает на прозвищное происхождение.