Фамилия Кутенины образована по самой распространённой в русской ономастике модели — от личного прозвища с помощью патронимического суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Кутенин буквально означал «сын (или потомок) Кутени». В основе лежит древнерусское мирское имя или прозвище Кутеня, которое, в отличие от крестильного, давалось не по святцам, а по приметам или обстоятельствам.

Корень этого прозвища — глагол «кутенить», одно из значений которого — «кружить, вихрить, мести (о погоде)». В северных и центральных говорах так говорили о метели или сильном ветре, который «кутенит» снег. Соответственно, Кутеней могли назвать ребёнка, родившегося в ненастье, в буран или в день, когда «погода кутенит». Это типичная для русской традиции модель: мирские имена часто давались по погоде (Вихорь, Метель, Буран) или по времени рождения.

Однако у того же глагола «кутенить» было и переносное, бытовое значение — «сплетничать, пьянствовать, отчаянно проказничать». В этом случае прозвище Кутеня указывало уже не на погоду, а на поведение человека: его могли так прозвать за шумный нрав, склонность к кутежам или неугомонные выходки. Оба варианта происхождения вполне правдоподобны, но первый — «погодный» — встречается в источниках реже и потому делает фамилию более выразительной.

Фамилия Кутенин фиксируется в документах с XVII века. В Переписной книге Вятки 1678 года упоминаются крестьяне Кутенины, что указывает на её раннее бытование в северо-восточных регионах России. Встречается она и в более поздних записях по Казанской и Пермской губерниям — то есть в областях, где говор сохранил слово «кутенить» в его прямом значении.

Таким образом, фамилия Кутенины — не просто семейное имя, а застывшая характеристика: либо природного явления, случившегося в день рождения предка, либо его же личных качеств. И то, и другое делает её живым свидетельством народного языка и бытовой наблюдательности.