Фамилия Кутенов — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием -ов скрывается неочевидная основа. Вопреки возможной догадке, она не связана с «кутьей» или «кутенком» (щенком). Самая правдоподобная версия возводит её к тюркскому мужскому имени Кутен (Кутен), которое в основе имеет корень «кут» — «душа», «жизненная сила», «счастье» или «благодать» в тюркской мифологии. Формант -ен в имени мог быть уменьшительным или ласкательным суффиксом, то есть Кутен — «счастливчик», «обладатель благодати».

Фамилию Кутенов, скорее всего, носили потомки человека по имени Кутен. Массово такие фамилии возникали в XV–XVII веках у крещёных татар, башкир, ногайцев, а также у служилых людей на южных и восточных окраинах Московского государства. Если предок носителя фамилии был, к примеру, казаком или мелким помещиком, то фамилия могла закрепиться в документах именно в такой русифицированной форме — с русским патронимическим суффиксом -ов.

В русском языке есть фамилии-двойники с той же основой: Кутенев, Кутепов, Кутузов. Последняя — самый известный пример, её этимология восходит к тому же «кут», но с другим суффиксальным оформлением (Кутуз — «вспыльчивый» или «счастливый»). Кутенов по сравнению с ними — фамилия редкая, не попавшая в массовые справочники дворянских родов. Встречается она преимущественно в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где веками пересекались русские и тюркские традиции имянаречения.

Нельзя исключать и чисто прозвищную версию: в некоторых русских говорах «кутеня» называли неуклюжего или нерасторопного человека. Но эта гипотеза слабее: прозвище Кутеня дало бы фамилию Кутенин, а не Кутенов. Форма на -ов указывает, что в основе лежало имя или прозвище на твёрдый согласный — Кутен, а не Кутеня. Поэтому тюркское происхождение надёжнее.