Фамилия Кутнаев образована от имени Кутнай. Возможно, в его основе лежит турецкое слово kutan – «щегол». Однако более вероятно, что Кутнай – форма древнетюркского имени Кутан, которое в переводе на русский язык означает «счастливый». При образовании имени гласный «а» выпал.