Фамилия Кутнаева — женская форма мужской фамилии Кутнаев, которая образована по русской патронимической модели с суффиксом -ев. Этот суффикс присоединяли к основам, оканчивающимся на согласный или -й, и указывал на принадлежность: «чей?» — Кутнаев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кутнай.

Корень фамилии — «кутна-» — скорее всего, тюркского происхождения. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «кут» означает «счастье», «благодать», «духовная сила», а «кутлы» — «счастливый», «благодатный». Суффикс -ай в тюркских именах и прозвищах часто образует ласкательные или уменьшительные формы (ср. Кунай, Толганай). Таким образом, Кутнай могло быть доисламским именем-пожеланием со значением «счастливчик», «обладатель удачи», или прозвищем, данным человеку с легкой рукой.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий на -ов, форма Кутнаев встречается редко и имеет яркую региональную привязку. Основной ареал — Поволжье, особенно территории бывшей Казанской губернии, где веками жили татары и чуваши. Среди чувашского населения также бытует слово «кутнай» — «забавник», «шутник», что могло стать прозвищем для веселого человека. Вторая, менее вероятная версия — от русского диалектного глагола «кутнать» (псковские и тверские говоры), означавшего «кутать», «укутывать», но она не объясняет финаль -ай.

Сословно фамилия не закреплена: Кутнаевы могли быть и крестьянами, и служилыми татарами, перешедшими на русскую службу в XVI–XVII веках. В документах фамилия фиксируется с XIX века, но, учитывая тюркскую основу, ее носители могли жить в этих местах и раньше, просто не имея фамилии в современном смысле.