Фамилия Кутухины (в форме мужского рода — Кутухин) образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе прозвища или мирского имени прибавлялся суффикс принадлежности -ин. Этот суффикс указывал на то, что человек является сыном или потомком того, кто носил исходное прозвище: Кутуха → Кутухин сын → Кутухин. Такая модель широко представлена в ономастике восточных, западных и южных славян, и фамилия Кутухин — один из её самобытных памятников.

Ключ к происхождению фамилии — основа «Кутух-». В русских говорах слово «кутух» или «кутуха» имело несколько значений, и каждое могло лечь в основу прозвища. Самое вероятное: «кутух» — это человек, который любит сидеть дома, домосед, нелюдим. Слово родственно диалектному «кут» — угол в избе, закуток. Прозвище Кутуха могли дать тому, кто постоянно сидел в своём углу, сторонился людей. Менее распространённая версия связывает «кутуха» с глаголом «кутать» — кутающийся, зябкий человек. В некоторых регионах «кутухом» называли также неопрятного, неряшливого человека, но это значение встречается реже.

Передаваясь из поколения в поколение, фамилия Кутухин по сей день хранит память о прозвище предка. В документах XVI–XVII веков встречаются люди с похожими именованиями: например, в писцовых книгах упоминаются крестьяне Кутуховы и Кутухины, что говорит о бытовании прозвища в среде земледельцев. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Кутухин можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, но ясно одно: её носители могут с полным правом гордиться своей фамилией как ценным источником семейной истории.