Фамилия Кутуев образована от тюркского мужского имени Кутуй (диалектный вариант — Кутай), что переводится как «счастливый человек». Нарекая сына таким именем, родители желали ему, чтобы удача никогда его не покидала. Со временем потомка человека по имени Кутуй стали называть Кутуевым — так закрепилась фамилия.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Кутуй прибавился русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Кутуев). Такая схема типична для фамилий тюркского происхождения, которые вошли в русский обиход через татарскую и башкирскую среду. Суффикс -ев, а не -ов, объясняется мягкостью конечного согласного в имени Кутуй.

Известный носитель фамилии — Адельша Нурмухамедович Кутуев (1903–1945), татарский писатель, работавший под псевдонимом Адель Кутуй. Его творчество — одно из ярких подтверждений, что фамилия бытует прежде всего в татарской и башкирской среде, где имя Кутуй встречается до сих пор.

Встречаются и другие версии происхождения. Например, в некоторых говорах «кутуй» могло означать «мешок» или «кошель» — прозвище для запасливого или тороватого человека. Однако эта гипотеза менее убедительна: основная масса фамилий на -ев в Поволжье и Приуралье восходит к личным именам, а не к нарицательным словам. Поэтому версия с именем Кутуй — «счастливый» — остаётся основной.