Фамилия Кутюшов — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии происхождения. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или занятий, эта, скорее всего, ведёт родословную от названия реки.

В основе лежит гидроним Кутюш — так называется река в Пермском крае, левый приток Камы. В прошлом жителей по берегам рек часто называли по имени водоёма: отсюда фамилии Першин (от Перша — приток Клязьмы), Икшин (от Икши) и, по той же модели, Кутюшов. Притяжательный суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Кутюшов, то есть «сын человека с реки Кутюш» или «выходец с Кутюша».

Словообразовательная модель проста и прозрачна: река Кутюш → прозвище Кутюш → фамилия Кутюшов. Суффикс -ов здесь типичен для русского ономастикона, он закрепился в центральных и северных губерниях, что косвенно подтверждает пермское происхождение. Альтернативная версия — от тюркского имени Кутюш (возможно, от «кут» — счастье, благодать) — менее убедительна: во-первых, для тюркских заимствований чаще характерен суффикс -ев (Кутюшев), а во-вторых, фамилия почти не встречается в регионах с сильным татарским влиянием, зато фиксируется именно на Урале.

В словарях русских фамилий Кутюшов не упоминается, что говорит о её локальном, почти гнездовом распространении. Носители, вероятно, были государственными или заводскими крестьянами Прикамья — никакого дворянства или купечества, только люди, чья фамилия буквально повторяла название реки, у которой они жили поколениями.