Фамилия Кувшинкин образована от мирского имени или прозвища Кувшинка. В основе могло лежать название водного растения — кувшинки. В народной традиции такие «растительные» имена давали детям, чтобы природа приняла ребёнка как своего и передала ему полезные свойства растения. Это распространённый славянский обычай, когда имя-оберег связывало человека с миром природы.

Однако есть и более бытовая версия. Кувшинкой могли прозвать мастера, который делал кувшины. Слово «кувшин» — «глиняный или металлический сосуд с ручкой и носком» — дало прозвище гончару или торговцу посудой. В таком случае фамилия Кувшинкин относится к группе «профессиональных» фамилий, указывающих на ремесло предка.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кувшинкин, то есть сын или потомок Кувшинки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Фамилия редкая, в старых переписных книгах встречается нечасто. Её можно встретить в центральных и северных областях России, где было развито гончарное дело и где в местных говорах слово «кувшинка» могло иметь иное значение — например, так называли не только растение, но и небольшой кувшинчик. Спор между «растительной» и «ремесленной» версиями остаётся открытым, но вторая выглядит более прямой: прозвище по профессии давалось чаще, чем имя по цветку.