Фамилия Кузакин образована от прозвища или нецерковного имени Кузака. Её основа — уменьшительная форма от имени Кузьма, которая в русских говорах звучала как Кузя, а с добавлением суффикса -ак- давала Кузак. Такая модель типична для северных и сибирских регионов, где суффикс -ак- активно использовался для образования прозвищ и фамилий: Кузак — «сын Кузьмы» или «маленький Кузьма». В отличие от стандартной фамилии Кузьмин, Кузакин указывает на более народный, диалектный вариант имени.

Суффикс -ин в фамилии Кузакин указывает на принадлежность: «чей?» — Кузакин, то есть «сын Кузаки». Такие фамилии на -ин чаще всего встречались в северных и центральных губерниях России, где была распространена модель отчества на -ин, а не на -ов. В южных и западных регионах ту же основу могли бы оформить как Кузаков.

Вероятно, предок носителя фамилии был крестьянином или ремесленником, которого окружающие называли по имени в уменьшительной форме. Прозвище Кузака могло закрепиться за человеком невысокого роста или младшим в семье. В некоторых говорах «кузака» означало также «коротышка» или «небольшой предмет», что добавляет бытовой оттенок прозвищу.

Фамилия редкая. По данным переписей XIX века, Кузакины встречались в Вологодской, Архангельской и Пермской губерниях — регионах, где активно сохранялись архаичные формы имён. В отличие от фамилий Кузин или Кузькин, Кузакин сохранил более древнюю диалектную основу, что делает её ценной для историков языка. Споров о происхождении почти нет: все версии сходятся к имени Кузьма, а альтернативные гипотезы (например, от тюркского «кузак» — «глаз») не подтверждаются ни географией, ни словообразованием.