Фамилия Кузенкин образована от имени Кузенка — производной, уменьшительной формы канонического имени Косма. Само имя Косма (в русском обиходе закрепившееся как Кузьма) восходит к греческому слову «космос», то есть «мир, порядок, мироздание»; в переносном смысле оно означало «украшение». Таким образом, в основе фамилии лежит не церковное полное имя, а его домашний, обиходный вариант, которым в быту называли человека. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кузенкин буквально значит «сын Кузенки» или «из семьи Кузенки». Модель образования здесь типична для русских фамилий XVI–XVII веков: сначала от имени отца (Кузенка) возникало отчество, которое затем закрепилось как фамильное прозвание. Примечательно, что в отличие от более распространённой фамилии Кузьмин, где основа — полная форма имени, Кузенкин сохранила редкий вариант с суффиксом -енк-, характерным для северных и центральных говоров. Одним из небесных покровителей этого имени считается преподобный Косма Маиумский, византийский гимнограф VIII века. Связь с его именем придаёт фамилии не только бытовое, но и духовное измерение, хотя в повседневной жизни предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, которых в документах записывали по имени отца.