Фамилия Кузеняткин начинается с корня, который ведет к мужскому имени Кузьма. Его греческий оригинал — Косма — означал «украшение», «порядок» или «мир». В русском быту имя обросло множеством уменьшительных форм: Кузя, Кузька, Кузеня, Кузенятка. Именно от последнего, Кузенятка, и образована фамилия с помощью типичного русского патронимического суффикса -ин. Такой способ словообразования характерен для фамилий, которые отвечают на вопрос «чей?»: Кузеняткин — «сын Кузенятки».

Менее вероятная, но любопытная версия связывает фамилию с нарицательным «кузька». В польском языке словом kozkа называли козочку, но в русских говорах «кузька» — это хлебный жук-вредитель. Прозвище Кузька могли дать невысокому или суетливому человеку, однако эта гипотеза слабее: суффикс -ятк- в основе указывает скорее на личное имя, чем на прозвище от насекомого.

Совсем малоправдоподобна версия о связи с французским словом «кузен» (двоюродный брат). В крестьянской среде, где и сложилось большинство русских фамилий, заимствования из западноевропейских языков были редкостью, а форма Кузенятка от «кузена» выглядит искусственной.

Фамилия Кузеняткин — довольно редкая. Её география тяготеет к центральным и северным регионам России, где имя Кузьма было особенно популярно. Сословных перегородок у неё не было: Кузеняткины встречались и среди крестьян, и среди мещан, и в купечестве. Владельца фамилии в XV–XVII веках могли записать как «Кузенятка сын Иванов», а к XIX веку окончание -ин закрепилось в наследственном варианте.

Если искать однокоренные фамилии, то Кузеняткин стоит в одном ряду с Кузнецовым (от ремесла), Кузьминым и Кузькиным. Но именно суффикс -ятк- выделяет её как ласкательную форму — так в семьях называли младшего сына или любимого внука.