Фамилия Кузеняткины, как и многие русские фамилии, выросла из имени. Её основа — уменьшительно-ласкательная форма Кузенятка от имени Кузьма. Полное церковное имя звучало как Косма, а в народе прижилась русифицированная версия Кузьма. От него в крестьянской и мещанской среде образовалась целая россыпь производных форм: Кузя, Кузятка, Кузенятка. Последняя и дала начало фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Кузеняткин, то есть сын Кузенятки.

Редкость фамилии в том, что она сохранила именно форму с суффиксом -енятк-, а не более распространённую -ятк- (как в фамилии Кузяткин). Такая словообразовательная модель встречается реже и может указывать на определённый регион или говор, где предпочитали именно такой вариант ласкательного имени.

Менее вероятные версии происхождения стоит упомянуть, но без натяжек. Например, связь с польским словом kozka («козочка») или русским «кузька» (жук-вредитель) — гипотезы слабые, поскольку не объясняют суффикса -енятк-. Версия про «кузена» (двоюродного брата) тоже малоправдоподобна: слово «кузен» вошло в русский язык поздно и в народной среде практически не использовалось для прозвищ.

Таким образом, фамилия Кузеняткины — это не прозвище по ремеслу или внешности, а чистый патроним, «отчество» в третьем поколении. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а фамилия закрепилась за ними в XVII–XIX веках, когда у русских окончательно оформилась трёхчленная система именования. Точное место возникновения фамилии сегодня установить трудно, но география редких форм вроде Кузенятка чаще всего привязана к северным и центральным губерниям России.