Фамилия Кузеняткина образована от ласкательного имени Кузенятка — уменьшительной формы мужского имени Кузьма. В основе лежит греческое слово «косма» (мир, порядок, мироздание), которое в переносном значении означало «украшение». Небесным покровителем этого имени считается преподобный Косма Маиумский. Поскольку суффикс -ятк- типичен для простонародных, бытовых форм, предок Кузеняткиных, скорее всего, происходил из крестьянской или ремесленной среды — такие «домашние» варианты имени редко встречались у дворянства.

Менее вероятно, что в основе фамилии лежит нарицательное «кузька» в значении «жук». Это слово пришло из польского языка, где «kozka» буквально переводится как «козочка», и его связь с русской фамилией выглядит натянутой. Ещё менее правдоподобна гипотеза, будто Кузеняткой называли двоюродного брата (кузена) — в русской традиции такие заимствования не служили основой для фамилий с суффиксом -ятк-.

Сама словообразовательная модель — имя Кузенятка плюс патронимический суффикс -ин — указывает на принадлежность к роду: «чей?» — Кузеняткин, то есть сын или потомок Кузенятки. Со временем форма закрепилась в женском роде как Кузеняткина. Фамилия редкая, географически привязана в основном к центральным и поволжским регионам России, где имя Кузьма было особенно популярно.