Фамилия Кужатаев — хороший пример того, как по суффиксу и основе можно определить географию и вероятное этническое происхождение рода. Вопреки распространённому мнению, это не чисто русская фамилия, а русифицированная форма тюркской фамилии.

Разбор начинаем с суффикса. Фамилия образована по русской модели с аффиксом -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или гласный. В данном случае основа — «Кужатай». Такой способ словообразования типичен для народов Поволжья, Урала и Сибири, где русские писцы в XIX веке адаптировали местные имена и прозвища к официальным фамилиям, добавляя фамильные суффиксы.

Основа «Кужатай» — это личное имя или прозвище. Скорее всего, оно восходит к тюркскому корню «куж» (в разных диалектах — «куз», «кус»), что означает «птица» или «сокол». В татарском и башкирском языках есть имя Кужак (Кужахмет), где первый элемент связан с птицей, а второй — с арабским «Ахмет» (хвала). В казахском языке существует имя Құжат, которое может означать «документ» (из арабского), но в контексте фамилий это менее вероятно — скорее, это народная этимология. Более правдоподобно, что Кужатай — это древнее тюркское личное имя, образованное от тотема птицы (сокол, беркут) с уменьшительно-ласкательным аффиксом -тай. Такие имена были распространены у башкир, татар и казахов: Актай, Каратай, Кужтай.

Таким образом, предок носителя фамилии Кужатаев мог быть человеком, которого в общине прозвали «Соколёнок» или «Птичий» — возможно, за ловкость, зоркость или быстроту. Фамилия осела в среде тюркских народов, принявших православие (кряшены, нагайбаки) или перешедших в русское сословие. Географически фамилия чаще всего встречается в Оренбургской, Челябинской областях и Башкортостане — в зоне активного контакта тюркских и русских культур. Встречаются также варианты написания: Кужатов, Кужетаев, Кужатаев (с ударением на последний слог).