Фамилия Кужирова — женская форма фамилии Кужиров, а та, в свою очередь, имеет характерные черты фамилий, образованных от тюркских прозвищ или имен. Основа «Кужир» (или «Кужыр») восходит к тюркскому корню, который в разных языках (карачаево-балкарском, кумыкском, ногайском) может означать «смелый», «отважный» или, в более приземленном варианте, «упрямый», «своенравный». В некоторых диалектах слово «кужур» фиксируется как обозначение человека с крутым нравом или даже задиры.

Модель образования проста: к основе Кужир добавлен русский патронимический суффикс -ов (в женском роде — -а). Это говорит о том, что фамилия сформировалась в среде, где русская административная традиция фиксации фамилий накладывалась на местные, часто кавказские или тюркские, имена. Носитель такой фамилии — потомок человека по прозвищу Кужир, которое дали за характер или поведение.

Географически фамилия Кужирова тяготеет к Северному Кавказу, особенно к Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии, а также встречается среди кумыков и ногайцев. Встречаются варианты написания с «ы» — Кужырова, что отражает особенности местного произношения: твердый звук «ы» после «ж» в тюркских языках более естественен, чем мягкий «и».

С точки зрения социального контекста, фамилия не принадлежала к дворянским родам — это типичная фамилия крестьянского или казачьего сословия, закрепившаяся в XIX веке при переписях. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на географическое происхождение, Кужировы — это «род Кужира», то есть фамилия, прямо указывающая на личное качество предка. Споров о происхождении почти нет: тюркская основа очевидна, а русский суффикс — лишь дань официальному документообороту.