Фамилия Кузьмишины — довольно редкий пример русской фамилии, образованной не напрямую от полного имени, а от его уменьшительно-ласкательной формы. В основе лежит имя Кузьма, которое восходит к греческому «космас» — «мир, порядок, мироздание» или «украшение». Но «Кузьмишин» — это не просто «сын Кузьмы». Сначала появилось прозвище или домашнее имя Кузьмиша — так в быту могли называть человека по отцу, то есть «Кузьминого сына». Затем эта форма сама стала основой для фамилии: Кузьмиша + суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?» — Кузьмишин). Получается двойная «сыновья» конструкция: «сын того, кто был сыном Кузьмы».

Суффикс -ин в этой фамилии указывает на её севернорусское или центральнорусское происхождение. В южных и западнорусских землях чаще использовали суффикс -ов: оттуда пошли Кузьминовы. Кузьмишины — более редкий вариант, который мог закрепиться в среде крестьян и посадских людей, где часто использовали внутрисемейные прозвища вместо полных имён в документах.

О точной географии бытования фамилии Кузьмишины сказать сложно: это не массовая фамилия, и в дореволюционных справочниках она встречается нечасто. Можно предположить, что её носители жили в центральных губерниях России, возможно, в Тверской или Ярославской, где были сильны традиции «ичных» фамилий. В любом случае, фамилия Кузьмишин — живой след той старинной русской модели, когда имя отца превращалось в прозвище сына, а потом — в фамилию внука.