Фамилия Кузьмишина ведет происхождение от мужского крестильного имени Косма, которое в русской традиции закрепилось в форме Кузьма. Греческое слово «косма» переводится как «мир», «порядок», «мироздание» или «украшение». В основу фамилии легла не сама каноническая форма имени, а уменьшительно-ласкательное прозвище Кузьмиша — так в быту могли называть ребенка или взрослого мужчину по имени Кузьма.

Фамилия образована по одной из самых распространенных в русском языке моделей — с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Кузьмишин буквально означает «сын Кузьмиши» или «человек из рода Кузьмиши». Такая модель типична для фамилий, возникших в северных и центральных регионах России, где притяжательные прилагательные на -ин активно вытесняли более южные формы на -ов.

Интересно, что в отличие от массовых фамилий Кузьмин или Кузнецов, форма Кузьмишин встречается реже. Она сохранила в себе не основной корень, а производное прозвище, что может указывать на конкретную семейную ветвь, где прозвище Кузьмиша закрепилось как родовое имя еще до того, как фамилии стали передаваться по наследству. Таким образом, потомок человека по прозвищу Кузьмиша со временем получил фамилию Кузьмишин, а в женском роде — Кузьмишина.