Фамилия Кузьмишкин — это классический пример русской «патронимической» фамилии, то есть образованной от имени предка. В основе лежит разговорная форма крестильного имени. Мужское имя Косма (в русской традиции превратившееся в Кузьму) происходит от греческого «kosma» — «мир, порядок, мироздание», а также «украшение». В народной среде имя Кузьма часто смягчали и сокращали, используя суффикс субъективной оценки -ишк- (Кузьмишка). Такой суффикс придавал имени оттенок ласкательности или, в зависимости от контекста, указывал на принадлежность к простому сословию — крестьянам или ремесленникам.

Фамилия Кузьмишкин образована по стандартной модели: к основе Кузьмишк- добавили притяжательный суффикс -ин, который в русском языке означает «чей?» — то есть сын, потомок Кузьмишки. Таким образом, Кузьмишкин — это буквально «сын Кузьмишки», а «Кузьмишка» — это не отдельное имя, а уменьшительная форма от канонического Кузьма.

Интересно, что фамилии на -ишкин встречаются реже, чем на -ин или -ов, что делает Кузьмишкин более редким вариантом. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Кузьмин, Кузьмичев, Кузминский), то форма Кузьмишкин чётко указывает на то, что предок носителя фамилии в быту звался именно Кузьмишкой — скорее всего, в крестьянской или посадской среде, где официальное полное имя часто заменяли домашним прозвищем. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где суффикс -ишк- был особенно распространён в обиходной речи. Никаких сведений о дворянском происхождении этой фамилии нет — она однозначно народная, указывающая на простого человека, который носил имя Кузьма.