Фамилия Кузьмишкина образована от имени Кузьмишка — народной, обиходной формы крестильного имени Косма. В русской традиции это имя закрепилось в виде Кузьма, а исходное греческое слово «kosma» означало «мир», «порядок», «мироздание» или «украшение». Небесным покровителем имени считается преподобный Косма Маиумский, византийский гимнограф VIII века.

Интересна именно словообразовательная модель: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а основа Кузьмишк- — это не просто уменьшительная, а уничижительная или, скорее, бытовая форма имени. В старину такие формы на -ишк- (Петришка, Васька, Кузьмишка) часто давали простым людям, детям или слугам. Поэтому фамилия Кузьмишкина напрямую говорит о социальном происхождении: её основатель, скорее всего, принадлежал к крестьянскому или посадскому сословию, где подобные именования были нормой.

Форма Кузьмишкина — женская, то есть принадлежит женщине или образована от отчества мужа (в документах часто писали «вдова Кузьмишкина»). Мужской вариант — Кузьмишкин. Родственные фамилии — Кузьмин, Кузьмичев, Кузьменков — образованы от той же основы, но с другими суффиксами, что показывает разные пути адаптации имени в фамильной традиции. В отличие от них, вариант на -ишкин встречается реже и сохраняет оттенок разговорной, «домашней» речи предков.