Фамилия Кузюнин — наглядный пример того, как просторечная, уменьшительная форма церковного имени легла в основу фамилии. В её сердцевине — имя Кузюня, которое является производной, ласкательной формой от канонического имени Косма (в русском обиходе чаще звучавшего как Кузьма). Само имя Косма восходит к греческому «kosmos», что переводится как «мир, порядок, мироздание» или «украшение». Святым покровителем этого имени считается, в частности, преподобный Косма Маиумский, известный гимнограф.

Модель образования фамилии проста и прозрачна: к основе Кузюн- (от Кузюня) добавлен типичный русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Кузюнин, то есть сын, потомок Кузюни. Такая суффиксальная модель широко распространена в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я.

Интересно, что фамилия Кузюнин не столь частотна, как её «старший брат» — Кузьмин (от полной формы Кузьма). Редкость связана с тем, что в основе лежит не основное, а именно уменьшительно-ласкательное имя. В старину такие формы (Кузюня, Кузя) использовались в быту, в кругу семьи или среди близких соседей, и закреплялись в качестве прозвища, которое со временем и перешло в фамилию. Таким образом, предок носителя фамилии Кузюнин, вероятно, был человеком, которого в своей среде ласково или дружески звали Кузюней, и это прозвище закрепилось за его потомками как родовое имя.