Фамилия Кузюнина образована от просторечной формы имени Кузьма — Кузюня. В основе лежит каноническое имя Косма, которое восходит к греческому «косма» — «мир, порядок, мироздание» или «украшение». Такие уменьшительно-ласкательные варианты, как Кузюня, были широко распространены в повседневном общении среди простого сословия: в документах и быту крестьяне и горожане редко использовали полную форму имени. Поэтому, скорее всего, основатель рода Кузюниных был человеком из непривилегированного сословия.

Модель образования фамилии — суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Кузюни». Это типичный патроним, превратившийся в наследственную фамилию. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных или усечённых форм (Кузьмин, Кузьминов), вариант Кузюнин встречается реже и указывает на более тесную, «домашнюю» основу — прозвище или обиходное имя, закрепившееся за конкретной семьёй.

Географически фамилия Кузюнина тяготеет к северным и центральным регионам России, где были сильны традиции бытовых уменьшительных имён. Встречается она и в формах Кузюнин (мужской вариант). Таким образом, потомок человека по имени Кузюня со временем получил фамилию Кузюнина, которая сохранила память о прозвищном имени предка.