Фамилия Квачегина — женская форма фамилии Квачегин, а та, в свою очередь, образована от мужского прозвища Квачега. В основе лежит диалектное слово «квач» или «квач» — так в разных регионах России называли кисть для смазки колёс дёгтем, помазок, а также тряпку, которой вытирают или наносят что-то липкое. Человек по прозвищу Квачега мог получить его за профессию: например, за работу дегтярника или маляра, который постоянно возится с кистями и краской. Но не исключён и переносный смысл — так могли дразнить неряшливого, вечно испачканного человека.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Квачегин — «сын Квачеги». Эта модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от имён или профессий мужского рода, -ин чаще прирастал к основам с окончанием на мягкий или шипящий звук.

Географически фамилия редкая и тяготеет к северо-востоку европейской части России. Встречается в документах по Вологодской и Кировской областям, а также в Пермском крае. В этих краях слово «квач» было в ходу — им называли не только кисть, но и кислое тесто или закваску, что добавляет ещё одну версию: прозвище мог получить пекарь или квасовар.

Интересно, что в говорах есть и глагол «квачить» — «пачкать, марать». Если основатель рода был человеком неопрятным или, наоборот, его работа была связана с сажей и дёгтем, прозвище закрепилось. Однокоренные фамилии — Квачов, Квачкин, Квашнин — но Квачегин стоит особняком из-за редкого суффикса -ег- (как в «бродяга», «растяпа»), который придаёт прозвищу оттенок действия или характерной черты.

Сословного барьера у фамилии не было: Квачегины встречаются и среди крестьян, и среди мещан. В XIX веке запись «Квачегин» фиксируется в метрических книгах Вятской губернии — там это прозвище, скорее всего, ещё не утратило прямой связи с ремеслом.